Одноклеточный метод, разработанный биофизиками из Исследовательского центра динамики биосистем РИКЕН, способными быстро классифицировать сотни тысяч бактерий по видам, что обещает стать бесценным инструментом для изучения того, как изменяются микроорганизмы различных типов в зависимости от условий.
Отмечается важная роль, которую играют бактерии в нашем кишечнике как в здоровом, так и больном организме. Биологи хотят изучить, как состав микробиоты кишечника влияет на их хозяев, но методы классификации бактерий по видам дают лишь очень грубые результаты.
Не так давно К. Широгучи и его коллеги разработали метод, способный точно и быстро охарактеризовать сообщества сотен тысяч бактерий. Их результаты были опубликованы в Nature Communications.
Метод заключается в том, чтобы поместить отдельные бактерии в каплях воды в масле, а затем пометить секцию бактериальной ДНК, кодирующей рибосомную РНК 16С (рРНК), уникальным штрих-кодом ДНК. Штрих-код распознается во время сортировки и дает возможность идентифицировать отдельные бактерии. Поскольку у каждого вида бактерий в основном своя Ррнк 16С, метод позволяет определить количество бактерий определенного вида.
Команда продемонстрировала силу своего метода, используя его, чтобы увидеть, как диеты с дефицитом витамина А влияют на кишечную микробиоту мышей. У мышей, которых кормили диетическим питанием с дефицитом витамина А, и у контрольных мышей, которых кормили обычной пищей, они подсчитывали количество бактерий в дистальной области слепой кишки (вход в толстую кишку). Результаты показали, что значительно пострадал только один тип кишечных бактерий. Это говорит о том, что представленный метод может обнаруживать изменения только в одном типе бактерий.